Usb-Schnittstellen im Bios deaktivieren

Hallo,mich plagt mal wieder ein kleines Problem -.- ,
ich habe gestern meinen neuen PC mit eingebautem Cardreader bekommen,in der Installationsanleitung stand,dass bei einem internen Cardreader unbedingt vor der Installation von Windows die Usb Schnittstellen im Bios deaktiviert werden müssen.Ich habe den Usb-Controler auf disabled gestellt,danach Windows installiert und leider gab es halt genau das Problem,das nicht auftauchen sollte - die Laufwerksbuchstaben haben sich verschoben,demnach war meine Partition in Laufwerk E: nur 120 GB anstatt 500 GB groß,natürlich sollte ja auch die Festplatte in Laufwerk C: anstatt im Laufwerk E: mit nur 120 GB sein.....Was habe ich falsch gemacht ?
Reicht das Deaktivieren des USB Contolers nicht aus ?
Danke im voraus ;-)