Da wird vermutlich nicht viel passieren, außer dass die Karte problemlos läuft. Die Übertragungsrate ist gleich, folglich gibt es da keine großen Nachteile. Laut Wiki bringt PCIe 2.1 ein paar neue Features, aber die sollten irrelevant sein.
Folgende User haben sich für den guten Beitrag bedankt:
Ergänzend sollte noch erwähnt werden, dass der Entwicklungsstandard bei PCIe in der kompletten Reihe immer Abwärtskompatibel gehalten wird. Dementsprechend wird das ganze ohne merkliche Einbußen laufen. Ein paar wenige spezielle Features fallen raus, aber die fallen sowieso nicht auf.