Das da so viel Space einfach so verschwindet, ist, selbst wenn Dir einige Blöcke gestorben sein sollten, mal überhaupt nicht nachvollziehbar.
Ich halte es für ziemlich sicher, daß Die Malware, die Eigenschaften wie ein Root-Kit hatte, irgendwie eine versteckte Partition auf Deiner Platte angelegt hat.
Das Dumme an der Sache ist, daß man da mit Windows-Bordmitteln nicht heran kommt, weshalb nach dem Plattmachen und der Neuformatiereung für Windows auch nur noch ein Teil der ürsprünglichen Kapazität "zu sehen" und nutzbar ist.
Ich würde mal alle, von einem Festplattentool auffindbaren, Partitionen löschen und danach die Platte nach meinen Vorstellungen mit diesem Tool neu partitionieren.
GParted, man sollte die Version [
0.6.3-3 als iso] downloaden und brennen, hilft dabei zum Nulltarif.
Beim Brennen darauf achten, daß Du ein Image brennst.
Mit einer Daten-CD kann Dein Rechner nicht gebootet werden(!)
Der Einbruch der Transferraten auf so einen niedrigen Wert, ist nicht so ganz normal.
Kann aber mit sehr ungünstiger Partitionierung zusammenhängen.
Mit Glück verschwindet das, nachdem Du die Platte mal wirklich und richtig platt gemacht hast, auch wieder.