Das kommt darauf an, wie du es gerne hättest und wie strikt du mit der Trennung warst.
- Ich persönlich würde alle Partitionen formatieren, auf denen Programme installiert wurden.
- Viren/Trojaner/Würmer können theoretisch natürlich auch auf anderen Partitionen sitzen -> möchtest du maximale Sicherheit muss alles weg.
- Hast du mehrere Partitionen auf einer Platte und möchtest diese ändern (zusammenlegen, vergrößern/verkleinern, zusätzliche Partition), musst du - was das Windows-Setup angeht - alle beteiligten Partitionen formatieren.
- Grundsätzlich spart man sich aber natürlich das Einspielen von Backups, wenn man reine "Datenpartitionen" (z.B. Musik) beibehält.