Windows ist in Bezug auf den Plattensteckplatz sehr großzügig. Da kann man auch mal die Systemplatte vom 1. Sata-Anschluß an den 4. hängen, wenn der 2. und 3. mit Festplatten belegt sind und dem BIOS gesagt wird, von welcher Platte jetzt gestartet wird. Falls die Platten am 2. und 3. SATA auch noch getauscht werden, müssen vielleicht die Laufwerksbuchstaben dieser Platten korrigiert werden, wenn Programme darauf angewiesen sind. Bei mir merkt sich Windows7 sogar die Laufwerksbuchstaben der Platten in den Wechselrahmen und vergibt sie beim Einstecken unabhängig vom SATA-Anschluß.
Linux und vor allem der Linux-Bootmanager sind da recht empfindlich, weil hier die Reihenfolge der Platten an den Controllern entscheidend ist.
EDIT
Ich weiß aber nicht, was Windows mit der "nicht genutzten" Boot-Partition macht. Bei einem Rechner (Linux/WIN7-Home) habe ich eine Platte mit WIN7-Pro aus einem anderen Rechner eingebaut. Wenn ich per BIOS von dieser Platte starte, kommt auch das Home. Das ehemalige Laufwerk C: ist ohne Daten-Änderung als Laufwerk D: aufgeführt und aus ehemals D: ist E: geworden.