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Ja, das funktioniert.
Das der Slot sechzehn Lanes zur Verfügung stellt, heißt ja nicht, daß man die auch alle nutzen muß.
Wenn es der zweite PCIe x16 Slot ist, stehen oft sowieso nur vier oder ggf. acht Lanes zur Verfügung.
Und auch die muß man nicht unbedingt nutzen.